Kaum hatte Herzog Julius die Regierung im Lande Braunschweig übernommen, führte er 1568 die Reformation ein und erließ im Jahr darauf eine neue Kirchenordnung (1569). Diese sicherte den Stiften und Klöstern Selbständigkeit zu, verleibte das kirchliche Vermögen nicht dem Staatshaushalt ein. Nach dem Willen des Herzogs sollte es vielmehr „als ein gemeiner Schatz diser lande mit allen vleiß erhalten“ werden „zu underhaltung der pfarren, zu hospitalen, zu knaben und medlein schulen“.

Auch Herzog August, der 1655 eine neue Klosterordnung erließ, schrieb fest, dass die Erträge aus Stiften und Klöstern „zu keinen anderen als geistlichen Sachen und Ausgaben, wozu sy gewidmet, verwendet werden mögen“.

So geschah es. Die 1576 gegründete Universität Helmstedt wurde ebenso durch klösterliche Erträge unterhalten wie das 1745 eingerichtete Collegium Carolinum, aus dem später die Technische Universität Braunschweig hervorging.

1832 wurde der Klosterfonds durch die neue Landschaftsordnung mit einem zweiten kleineren Vermögen, dem von der Universität Helmstedt herrührenden Studienfonds, „behufs Vereinfachung der Administration und thunlicher Kostenersparung“ vereinigt. Die Selbständigkeit der Klöster und ihrer Vermögen blieb abermals unberührt.

Der Bestand des Braunschweigischen Vereinigten Kloster- und Studienfonds ist heute auch als Teilvermögen der Stiftung Braunschweigischer Kulturbesitz als überkommene heimatgebundene Einrichtung durch den Artikel 72 der Niedersächsischen Verfassung garantiert.